Van Werkhoven verzamelde van jongs af “Nederland en Koloniën” en begon tijdens zijn studie muziekwetenschap in Utrecht met een thematische verzameling “Muziek”.
Vanaf eind jaren ’60 was hij lid van de filatelistenverenigingen in zijn achtereenvolgende woonplaatsen: Utrecht, Arnhem, Huizen/Hilversum en ’s-Hertogenbosch.
Bij het 70-jarig jubileum van de ’s-Hertogenbossche Filatelisten Vereniging in 2000 toonde hij een verzameling gewijd aan Johann Sebastian Bach, bij gelegenheid van de herdenking van de 250ste sterfdag van de componist. Deze verzameling heeft hij in de loop der jaren uitgebouwd en laten zien op tentoonstellingen in Amsterdam (Meursprijs 2004 van de NVTF), Mondorf-les-Bains, Salzburg, Apeldoorn, Worms en Veendam.
De Bach-verzameling trok tevens eveneens veel belangstelling bij een (niet-filatelistisch!) muziekpubliek tijdens uitvoeringen van Passionen van J. S. Bach.
Voor het zomernummer 2002 van het maandblad Filatelie schreef hij een artikel “Muzieknoten ter gelegenheid van het Bachjaar 2000”. Daarin deed hij uit de doeken welke muziekwerken schuilgingen achter de vaak cryptische notenmotiefjes op postzegels en ‑stempels die zijn verschenen in het jaar 2000 en die hij heeft ontraadseld.
Vanaf december 2001 is hij bestuurslid en sinds april 2010 tevens lid van verdienste van de ’s-Hertogenbossche Filatelisten Vereniging. Bij deze vereniging is hij actief op verschillende terreinen, o. a. als docent van de zgn. BBF-cursus. Sinds 2002 is Van Werkhoven de redacteur van “Hertogpost”, het maandblad van de ’s-Hertogenbossche Filatelisten Vereniging. Maandelijks schrijft hij in dit blad een of meerdere artikelen over uiteenlopende onderwerpen. Het blad heeft tweemaal gedongen naar de landelijke “Filatelie Verenigingsbladprijs”. Beide keren (in 2005 en 2010) won het de prijs voor het beste tijdschrift van een algemene vereniging. De jury prees de Bossche vereniging “die kans ziet om het gehele postzegelseizoen iedere maand een blad uit te geven van hoog niveau.”
Van Werkhoven nam een nieuw verzamelgebied ter hand bij de voorbereiding van het 75‑jarig bestaan van de ’s-Hertogenbossche Filatelisten Vereniging in 2005, te weten de Postgeschiedenis van ’s-Hertogenbosch. Aanvankelijk concentreerde hij zich op de periode rondom de Tweede Wereldoorlog. In april 2008 liet hij in het Jheronimus Bosch Art Center poststukken zien uit de bezettingstijd t.g.v. een congres en boekpresentatie met als titel “Wegens bijzondere omstandigheden…/ ’s-Hertogenbosch in bezettingstijd 1940-1944.” De verzameling trok zoveel aandacht dat zij kort daarna met veel succes werd tentoongesteld in het Stadsarchief van ’s-Hertogenbosch.
Als uitvloeisel van deze gebeurtenissen en dankzij een gul mecenaat van Het Bossche PrentenMuseum publiceerde hij in 2010 het 240 pagina’s tellende en fraai vormgegeven boek “Postverkeer in barre tijden. Post in ’s-Hertogenbosch tijdens en rondom de Tweede Wereldoorlog 1933-1948”. Het boek werd gepresenteerd bij de opening van “Hertogpost 2010”, de nationale postzegeltentoonstelling in de Bossche Brabanthallen. Een jaar later beloonde de Koninklijke Nederlandse Bond van Filatelistenverenigingen hem met de Van der Willigen-medaille. Bij de Internationale Literatuurtentoonstelling IPhLa 2012 in Mainz viel het boek een Groot-Vermeil-Medaille ten deel (84 punten).
T.g.v. haar 75-jarig jubileum in 2005 gaf de ’s-Hertogenbossche Filatelisten Vereniging een jubileumboek uit. Samen met dhr. Frans Hermse verzorgde Van Werkhoven de samenstelling en redactie. Beiden schreven bovendien enkele artikelen en wisten een aantal andere medewerkers te interesseren, onder wie de heren Cees Janssen, Adam van der Linden en Eddie IJspeerd. Het boek werd tijdens Postex 2007 bekroond met Groot Vermeil in de literatuur klasse.
In de maanden oktober t/m december 2007 was in het Bossche PrentenMuseum een tentoonstelling te zien van een verzameling van ca. 150 oude Bossche prentbriefkaarten. Getoond werden zowel de voor- als achterkant. Beide zijden werden beschreven, o. a. de filatelistische aspecten, hetgeen een primeur betekende. De filatelistische beschrijvingen van de hand van Van Werkhoven gaven een aardig beeld van ruim een halve eeuw (Bossche) posthistorie. De heer Jan Masselink beschreef de “heemkunde”-kant van de kaarten.
De tentoonstelling werd in boekvorm vastgelegd en uitgegeven onder de titel “‘s-Hertogenbosch op de kaart gezet”.
Voor het boek “Hertogpost 2010” dat werd uitgegeven t.g.v. de nationale tentoonstelling ter viering van het 80-jarig jubileum van de ’s-Hertogenbossche Filatelisten Vereniging, verzorgde Van Werkhoven de samenstelling en redactie. In het boek waren de gegevens te vinden van de tentoonstelling. Tevens een indrukwekkende reeks van elf artikelen van diverse auteurs. Van Werkhoven zelf schreef “Plaatjes kijken: Bossche cinderella’s”.
Vanuit zijn alsmaar groeiende verzameling ’s-Hertogenbossche Posthistorie stelde Van Werkhoven ‘n een-kader-verzameling samen o. d. t. “Het drukwerkrolstempel van ’s‑Hertogenbosch”. Tijdens de Postex 2012 werd zij in categorie 1 bekroond met Groot Verguld Zilver.
Huber van Werkhoven is lid van een groot aantal filatelistische verenigingen en sinds 2008 van de Nederlandse Academie voor Filatelie. Voor de Notities schreef hij de artikelen “Johan J. de Iongh (1915-1999) en het Bossche Huis van Bewaring” en “Kinderen van De Muntel: Joseph en Guus Voets. Envelop als sleutel tot een ’s-Hertogenbossche familiegeschiedenis”.